בסמוך לשעה 15:00 הבחינו המאבטחים האזרחיים הפועלים במעבר קלנדיה בחשוד שהגיע לכיוון מעבר הרכבים שאינו מיועד למעבר הולכי רגל. מבירור ראשוני עולה כי המאבטחים קראו לעברו מספר פעמים לעצור ומשלא נענה לקריאותיהם, ביצעו לעברו נוהל מעצר חשוד במסגרתו ביצעו ירי לעבר פלג גופו התחתון.

על פי הדיווחים, לאחר שנפצע ברגלו, המחבל התרומם שוב וניסה לדקור שוטרים ולוחמים המוצבים במקום. המחבל נורה ונוטרל בידי אנשי כוחות הביטחון המוצבים במקום. אין נפגעים בקרב כוחות הביטחון.

מוקדם יותר הבוקר התרחשו הפרות סדר קשות ואלימות במהלך פעילות מבצעית של כוחות
משטרה ומסתערבי משמר הגבול בכפר קלנדיה הסמוך.

מדוברות מג"ב נמסר כי ההתפרעויות כללו זריקת בלוקים וחפצים כבדים מגגות שסיכנו
את חייהם של הלוחמים שפעלו במקום.

כתוצאה מכך נפצעו שישה לוחמים, חלקם מטופלים במקום וחלקם פונו לבית החולים
לקבלת טיפול רפואי. הלוחמים שחשו סכנה לחייהם ביצעו שימוש בירי ובאמצעים לפיזור
הפרות סדר.

למקום הוזעקו כוחות נוספים של צה״ל, ולאחר שהושלם ביצוע שני מעצרים, כלל הכוחות
יצאו מהכפר.